«Эстония» была построена в 1979 году в ФРГ. Ранее это судно называлось «Викинг Салли» и ходило из Хельсинки в Стокгольм и назад. Вечером 27 сентября оно покинуло порт Таллина курсом на Стокгольм, когда в море бушевал шторм, а скорость ветра превышала 20 метров в секунду. В половине второго ночи с судна было отправлено короткое сообщение о помощи, вскоре оно пропало с радаров. Отправителем сообщения считают предположительно второго или четвёртого штурмана. Из сообщения понятно, что крен судна в тот момент был очень опасным - 20-30 градусов, и слышно, что на корабле включена противотуманная сирена, чтобы разбудить пассажиров. Паром затонул между 00:55 и 01:50 местного времени.
На помощь поспешили находящиеся в ближайших водах паромы сообщения Хельсинки-Стокгольм: «Силья Симфония», «Силья Европа», «Изабелла», «Мариэлла», немецкий пассажирский «Финджет». Поблизости был ещё эстонский грузовой корабль, но он продолжил свой путь на юг. В дальнейшем на место прибыли финские сторожевики и тральщик со своими водолазами. На месте крушения был такой сильный шторм, что прибывшие первыми паромы не смогли спасти всех оказавшихся в воде. Оставшихся в живых были вынуждены собирать с поверхности силами ныряльщиков береговой охраны и военно-воздушных сил Финляндии и Швеции, вертолётами спасательного отряда Хельсинки, и вертолётами частных лиц только с наступлением утра.
Находящиеся на месте корабли, большей частью «Мариэлла», спасли всего 38 человек. Финские вертолёты, главным образом борт береговой охраны, спасли 49 человек. Шведские вертолёты - 50. Всего над «Эстонией» летало 13 шведских, 12 финских, два датских и один российский вертолёт. С накренившейся «Эстонии» не успели спустить большинство имевшихся спасательных шлюпок, но самонадувающихся резиновых плотов на волнах было множество. Проблемой было то, что сильный ветер быстро уносил спасательные плоты с места крушения. Из 989 находившихся на борту (803 пассажира и 186 членов экипажа) спасли 137 человек (94 пассажира и 43 члена экипажа). При этом пропали без вести 757 человек (651 пассажир и 106 членов экипажа). Многие люди, успевшие покинуть гибнущее судно, умерли от переохлаждения, травм или утонули, так как на море был шторм, а температура воздуха составляла около +8°C.
В ноябре 1994 года носовой визор «Эстонии» был поднят с помощью дистанционно управляемого робота для исследования. В начале декабря норвежская компания Rockwater, специализирующаяся на подводных работах, исследовала затонувший корабль на средства шведского государства. В этих действиях использовали в качестве базового судна паром «Семи-1», с которого погружения выполняли с помощью подводного колокола и специальной газовой смеси. Главной задачей водолазов было найти бортовой компьютер и доставить его следственной комиссии. Компьютер не был найден, предположительно его вырвало и смыло штормом из окна, и он затерян где-то в донном иле. Это дало дополнительную пищу жёлтой прессе, например, в прессе звучали версии о том, что паром мог пойти на дно из-за специально организованного взрыва на борту, что кто-то пытался провезти на нём контрабандный груз или это мог быть взрыв советской военной техники.
Возможность подъёма судна отвергли позднее, в декабре, и решили оставить его на месте, запечатав бетоном. Погружение к останкам судна запрещено, чтоб не тревожить прах погибших. Исполнение запрета было возложено на финские власти. Судно лежит на боку в 35 километрах на юго-юго-восток от финского острова Утё за пределами финских территориальных вод на глубине около 60 метров.
Согласно официальному заключению эстонско-финско-шведской комиссии, причиной гибели парома стали недостатки в конструкции судов типа «Ролкер» (также называемые «ro-ro»). В качестве наиболее вероятной причины гибели парома были названы его конструктивные недостатки (отрыв носового визора) и тяжёлые погодные условия.