Немецкая газета «Бунте» провела свое собственное расследование эпопеи Руста, в ходе которого выяснилась интересная подробность, на которую не обратили внимания советские следственные органы. Если разделить общую длину маршрута на фактическое время полета, то получится скорость 140 км/час при том, что крейсерская скорость его самолета составляет 220 км/ч. Это значит, что где-то на территории СССР Руст совершил двухчасовую промежуточную посадку. Данное предположение объясняет загадку, почему во время вылета летчик был одет в джинсы и зеленую рубашку, а сел в Москве уже, будучи в красном комбинезоне. При этом, возможность переодевания в воздухе должна быть исключена т.к. тесная кабина «Сессны» не позволяют проделывать подобные трюки.
Михаил Горбачёв использовал данный инцидент для крупных кадровых изменений в Вооружённых Силах СССР. Уже 30 мая им были освобождены от должности министр обороны Сергей Соколов и командующий ПВО Александр Колдунов. В общей сложности было привлечено к ответственности 34 офицера и генерала. Новым главой оборонного ведомства назначен Дмитрий Язов.
В сентябре 1987 года советский суд (как известно по одному культовому фильму - «самый гуманный суд в мире») приговорил гражданина ФРГ Матиаса Руста к четырем годам заключения колонии общего режима за «злостное хулиганство» и «нарушение государственной границы СССР». Из этого срока он отсидел менее года и уже в августе 1988-го по амнистии был отпущен на свободу.
По возвращении на родину Руста первым делом лишили лицензии на управление самолетом. А в 1989-м он получил повестку в германскую армию, но избрал альтернативную службу, начав работать санитаром в клинике города Риссен. Вскоре Руст на два с половиной года снова угодил за решетку за то, что ударил одну из медсестер ножом (девушка упорно отказывалась слушать рассказы о его «подвигах» в России). Свою последнюю судимость наш герой получил в апреле 2001 года, когда был задержан в универмаге за кражу свитера стоимостью 179 марок - по приговору суда Руст заплатил штраф в 10 тысяч марок.